Основан:  в сентябре 1924 году. В 1930-1939 и 1963-1965 годах упразднялся и включался в состав Кривошеинского района. До 1944 года район входил в Новосибирскую область, затем - в Томскую область 

Географическое положение: расположен в центральной части области,  в 196 км от г. Томска и занимает прибрежье рек Обь и Чулым. Граничит на севере с Верхне-Кетским районом, северо-западе с Колпашевским и Чаинским районами, на юге – с Кривошеинским и Бакчарским, на востоке с Асиновским и Первомайским районами

Климатические условия: климат континентальный. Холодная и  продолжительная зима с метелями, значительным снежным покровом и довольно влажным, коротким, жарким летом, непродолжительными переходными и безморозными периодами. Среднегодовая температура воздуха 0,8°С. Средняя температура самого теплого месяца (июля) плюс 18,1°С, самого холодного (января) минус 19,5°С.

Территория: площадь: 6,4 тыс. км2 (2 % от Томской области).

Местное время: MSK (московское время) + 4 ч.

Население: 11,9 тыс. чел. Плотность: 1,9 чел./км2. Урбанизация: 0 %. 

Административно-территориальное деление: территория Молчановского района разделена на 5 муниципальных образований, объединяющих 19 населенных пунктов.

Административный центр: село Молчаново (год основания – 1924).

Ключевые отрасли экономики: